기업의 지배구조를 변경하는 방법에는 합병, 분할, 교환 등 다양한 방법이 있습니다. 이 중 주식의 포괄적 교환은 A회사가 B회사의 주식을 모두 가져가고 B회사 주주들에게 A기업의 주식(신주 또는 자기주식)을 교부하는 방법으로, A회사가 B회사의 새로운 주주가 되고 (A:완전모회사, B:완전자회사), 기존 B회사의 주주들이 A회사의 주주가 됩니다.

이러한 주식의 교환은 두 회사가 하나의 법률/경제적 실체가 되는 합병에 비해 그 절차가 간단하고 각 회사의 실체가 유지된다는 특징이 있습니다.

주식의 포괄적 교환을 진행할 경우 세법으로 가장 중요하게 검토해야 할 사항은 과세이연특례를 적용받을 수 있는지입니다. 일반적으로 지분을 처분하면 그 대가를 주식으로 받든 현금으로 받든 양도로 보아 그동안의 시세차익에 대해 양도세를 납부해야 하는 부담이 있습니다. 그러나 과세이연특례를 적용받으면 이러한 과세를 이연할 수 있습니다.

즉, 내가 액면가 5천 원에 산 B회사 지분을 주고 시가 10만 원짜리 A회사 주식을 받는다면 9.5만원의 이익이 생기고 이는 세법에서 양도차익으로 보아 양도세를 내야 하지만, 일정한 ‘요건’을 만족한다면 나중에 이 A회사 주식을 팔 때 양도세를 내게 됩니다. 실제 A주식을 처분할 때까지 양도세 부담을 미룰 수 있어 납세자에게 유리하다고 할 수 있습니다.

1. 주식의 포괄적 교환 시 과세이연 요건

내국법인이 아래의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의 2에 따른 주식의 포괄적 교환에 따라 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할때까지 과세를 이연 받을 수 있습니다

2. 신청 방법

완전자회사의 주주는 교환일이 속하는 과세연도의 과세표준을 신고할 때 완전모회사와 함께 주식의 포괄적교환등 과세특례신청서(조특 시행규칙 별지 제23호의 3 서식)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다.

3. 과세 특례 금액

1) 법인주주 : 양도차익에서 주식 외 대가의 합계액을 차감한 금액을 압축기장충당금으로 계상하여 손금에 산입하여 과세 이연
2) 개인주주 : 주식 외 대가의 합계액 만을 양도소득으로 하여 양도소득세 납부

4. 사후관리 유의사항

주식의 포괄적 교환일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 완전자회사가 사업을 폐지하거나, 완전모회사 혹은 완전자회사의 지배주주등이 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 이연되었던 세액을 즉시 납부해야 합니다.

-개인 주주 : 해당 사유발생일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 이연받은 세액을 납부합니다.
-사업의 폐지 : 완전자회사가 주식의 포괄적 교환일 현재 보유하는 고정자산가액의 50% 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업을 폐지한 것으로 봅니다.(법인의 파산, 적격합병 및 적격분할 등 부득이한 사유 제외)
-주식의 처분 : 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환으로 교부받은 전체 주식의 50% 이상을 처분한 경우 주식을 처분한 것으로 봅니다.(주주간 처분, 사망, 파산, 적격합병 및 적격분할 등 부득이한 사유 제외)

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